1.目测法：只通过肉眼观察或借助标准比色卡进行比对，对植物叶片、花朵、果实等组织的颜色进行鉴别。此方法易受主观影响，误差较大。
2.色差仪测定法：用色差仪测定番茄果实的颜色，获得L、a、b值。随机选择充分成熟的果实，沿果面赤道一周均匀取3个点，得出L、a、b的数值后取平均值。每份材料测定3个果实，每个果实重复测定3次。色差仪的3个读数分别具有不同的功能：L值反映颜色的明亮程度，0表示黑色，100表示白色；a值反映红色或绿色物质的浓度，a>0表示颜色偏红，a<0表示颜色偏绿；b值反映橙色或蓝色物质的浓度，b**>0表示颜色偏黄，b**<0表示颜色偏蓝。
3.软件分析法：利用图像处理技术，对番茄果实的颜色进行自动检测和颜色分级。这种方法较客观，但需要专业的图像处理软件。
经过数百年的人工栽培，西红柿已经是一种重要的经济作物，而且红色是西红柿最主要的外观质量指标，并且红色果实具有较高的营养价值和食用价值。
由于果色是由多个基因调控的，因此如何在番茄果色形成过程中进行精细检测与分级，是一个亟待解决的科学问题。
果肉色泽是由多个重要的遗传因子共同决定的，其中一些重要的调控因子如：rs,nor,Gr,Cnr,Nr,hp,t,Del,Aft,atv,Abg等的变异导致了不同的色泽。
西红柿果皮的色彩比较单一，而且很容易进行分类，通常情况下可以将其分成两种类型：彩色果皮和无色透明果皮。
彩色果皮对无色果皮具有显性作用，由SIMYB12基因所控制，在果实的生长过程中，由于SIMYB12基因不能表达，因此不能在果皮中积累类黄酮。
SIMYB12基因在苹果中的过量表达可使其在苹果中呈彩色，且具有较强的贮运能力。
果实色泽的鉴别方法有目测和仪表两种，直观鉴别法是一种比较典型的、使用方便、基础简单的测色方式，它只适合于那些比较简单的分类。
由于种皮颜色的变化幅度非常大，而且大部分都是连续的，因此直接鉴别法很难受到人类的干扰，很可能会忽视掉某些中间的过渡色，这对于准确的测量、分类和定量的分析是不利的。
仪器测定法则是利用各种设备，把颜色转化成精确的数值，让颜色数值化、具体化和可视化，这种方式操作简单，耗时短，还可以对颜色进行更加准确的测量和分类。
色差仪被用于多种农作物的果皮或果实的色泽的测定，例如樱桃番茄、黄瓜和辣椒等。
随着人们生活质量的提升，鲜红、无色、透明、果皮、果肉的粉色西红柿的需求量越来越大，但有关其色泽的功能性标志及其精确检测方法还鲜有报道。
祝光涛课题组前期工作中，首次发现粉果番茄SIMYB12编码的启动子前4kbp区域有603bp长片段，该片段将导致该区域的遗传变异。
在此基础上，以30个不同品种的番茄为材料，开发相应的基因座，开发相应的基因功能标记。
利用激光光谱法测定果实色泽之间的关联性，实现对果实色泽的快速、精准识别，并探讨果实色泽的判别临界点。
国内外关于SIMYB12单倍体形态调控果实色泽的研究较少，而基于SIMYB12单倍体形态构建的遗传多样性及其在果实色泽形成中的作用机制尚无研究。
在此基础上，以SIMYB12基因上与果实色泽相关的突变位点为切入点，通过构建可重复使用的、可应用于凝胶阻滞实验的、可检测到果实色泽的多个遗传变异的遗传变异，从而建立果实色泽的精确、快速的鉴别方法，为果实色泽的遗传改良及果实色泽的鉴别提供理论依据。
选择泉州市农业科学研究所收集的30份番茄种质资源为供试材料，包括樱桃番茄28份和红色大果番茄2份，命名从编号P1~P30。
参考Saghai-Maroof等人的实验结果，利用CTAB法对番茄幼苗进行了全基因组DNA的提取，用酶标记法测定DNA的含量。
祝光涛对番茄果实色泽基因SIMYB12进行了分析，发现该基因位于第1对
SL2.40ch01:70935936-70938394bp区间，且该区间前4kbp区域有603bp序列丢失。
当前，番茄参照基因组已经升级至SL4.0，根据SIMYB12基因的最新注释，从NCBI官网上下载了SIMYB12基因的最新拼接全基因组。
利用序列比较分析，找出SIMYB12基因与其丢失的10kbp的序列，在丢失的603bp的两边合适的地方，进行引物设计，使其具有适宜的尺寸。
通过Primer-Blast技术和NCBI技术比较，验证引物的专一性，并将其提交给生工上海公司，以验证其专一性。
PCR反应系统（15微升）:1微升的模板DNA,1.5微升的10xbuffer,0.6微升的dNTP,0.6微升的前、后两个引物0.6微升，0.3微升的TaqDNA聚合酶，10.4微升的ddH_2。
PCR方法：在94℃下进行5分钟的PCR处理，结果表明在94℃时，30秒时，在58.6℃时，30秒时，在72℃时，延长时间90秒，共35次；在72℃下延长10分钟。
通过对实验数据的分析，对各引物的PCR退火温度进行了相应的调节，得出了最佳的PCR退火温度。
琼脂糖电泳法：以1.5%的琼脂糖为基底，加入1%的gelred核酸染色剂，将DNA放大后的产品放入BerlowGelDoc胶体成像装置中，对其进行观测和摄影。
对每个样品的扩增条带进行计数，其中较大的条带用1表示，较小的条带用3表示，杂合用2表示，而缺少的资料用0表示。
在一个完全成熟的西红柿中，在一周内以3个点为中心，用色差仪测量出L,a,b,C,h的值，然后求出它们的平均。
每种试材各取3株，每株试材3次，五种色差计的测定结果有各自的含义：L代表黑白通道，0表示黑色，100表示白色。a代表红绿通道，a>0表示颜色偏红，a<0表示颜色偏绿，b代表黄蓝通道，b>0表示颜色偏黄，b<0表示颜色偏蓝。
C是指色泽的饱和性或纯净性，较高的色度性表示色泽较亮，h是一种色彩角度，它是指三种基础色和它们之间的一种过渡色，0度代表着纯红色，120度代表着纯绿色，240度代表着纯蓝色。
利用酶标仪，对提取的番茄种质DNA展开了快速检测，结果显示样品浓度OD26m/OD280nm范围在1.81~1.99，比值低于1.9的样品有10份。
比值高于1.9的样品有20份，平均值为1.92，供试的30份番茄种质DNA提取质量均满足后续常规PCR扩增要求。
从NCBI官网上获取了番茄最近一期全基因组DNA片段，采用比较分析法，确定了其中603个碱基的缺失区域。
使用Oligo7来设计引物，在SIMYB12的上游丢失序列的区域中，使设计产物扩增碎片的尺寸为200~2000bp，此标记适用于在琼脂糖凝胶上进行电泳检测。
本文以SIMYB12为对象，通过对16对引物进行分析，结果表明其中3对引物的扩增结果均不含丢失的序列，且在扩增结果中存在着碎片尺寸上的差别，不能作为鉴别丢失位置的有效方法。
其中5对引物定位在丢失区域中，能够以单一的显性方式检测到丢失的基因，这5对引物都是显性的。
除了A-13的扩增片段较大，检测效果不佳外，其它的都可以很好的检测到果肉的颜色，但是不能很好的分辨出无色的、透明的果肉和丢失的信息。
在这一区域GC的含量较少，使得PCR很难进行PCR，且通常采用普通的反应系统和热处理条件。
以P1、P9、P53个材料为供试材料，在不同的退火温度下，对4对共显性标记进行了检测，结果发现A-10的扩增效果最好，最适合的退火温度是58.6℃，最后将A-10选择为SIMYB12基因的分子功能标记。
BLF 保来发